沙门氏菌属是引起急性胃肠炎的主要病原菌，其中以鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、鸡沙门氏菌、鸭沙门氏菌较为常见。

　　这些细菌广泛存在于各种动物，如猪、牛、羊、狗、鸡、鸭及鼠类的肠道内，当动物发病时，此类菌属可以侵入其血流、内脏及肌肉组织，蛋类也常被此类菌所污染。这些细菌通过接触过该病原菌的器皿、手等再接触熟食和凉拌菜等；就会在上面大量繁殖，并产生大量内毒素，人吃了这种食物后，由于细菌和内毒素的作用，刺激胃肠粘膜，引起粘膜的充血、水肿、肠液分泌增加，产生剧烈胃肠道反应。细菌和毒素入血，还可引起菌血症和毒血症。

　　此外，副溶血弧菌(嗜盐杆菌)也是较常见的致病菌，它广泛存在于海产品中，如鱼、蟹、海蜇，以及用盐腌制的肉类、蛋类和咸菜中，食后约10小时发病，主要也表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻。金黄色葡萄球菌如果污染了乳制品、蛋、肉类，在适当的环境下可大量繁殖，并产生耐热性肠毒素，引起发病。引起急性胃肠炎的致病菌还有变形杆菌、致病性大肠杆菌等。真菌也可引起急性胃肠炎，但比较少见。